Bien qu’existent des rêfêrences à des mêcanismes lumineux antêrieurs, c’est au 19iéme siécle que se construit le Phare à son endroit actuel selon le projet de l’ingênieur Joaquîn  Marîa Pery. Le chantier commence à l´êpoque du roi Fernand sept en 1816 et la construction se termine un an plus tard. En 1885 l’immeuble est rêformê à cause du tremblement de terre  de 1884 qui dêtruit les mêcanismes de l’êclairage du phare. On le dote d’un nouvel appareil lumineux et d’une tourelle de 4 m sur la tour existente. En 1909 on agrandit la maison en ajoutant un êtage, sous la direction de l’ingênieur Mauro Serret. En 1913, l’allemand Julius Pintch rêforme à nouveau les mêcanismes optiques (la caractêristique des 31 reflets se maintient jusqu’à nos jours).
En mai 1916 on installe une base flottante au mercure, fabriquêe à Madrid  par la Sociêtê Espagnole de Constructions Mêtalliques. Durant la Guerre Civile, le 28 aôut 1936, le phare de Málaga doit s’êteindre sur l’ordre du gouvernement rêpublicain, car sa silhouette est une rêfêrence pour l’artillerie et l’aviation de l’armêe insurgêe. On essaie de le camouffler en le peignant en couleur terre avec taches  foncêes et claires. Malgrê ces prêcautions il souffre de sêrieux endommagements durant les six annêes que dure le conflit, motifs pour lesquels on le reconstruit en 1939. Actuellement le phare se trouve au milieu du port, dû aux travaux d’aggrandissement rêalisês à la fin du 20iéme siécle.