Este monasterio, declarado Monumento Histórico-Artístico Nacional, es el más antiguo de la ciudad (se construyó entre el 1501 y el 1515) y fue levantado con la aportación de los Reyes Católicos en el lugar donde hubo una ermita dedicada a San Zoilo.

La iglesia, planteada en estilo gótico tardío y de planta irregular, responde al esquema de templo franciscano de la época. De la primitiva obra gótica conserva algunas bóvedas laterales y la grande de la capilla mayor, así como la portada de la iglesia, realizada en piedra arenisca.

Posteriormente se le añadió a todo el conjunto de la portada un tejadillo para evitar su deterioro. A una época posterior pertenecen la tapia almenada del compás, del siglo dieciséis, y una hornacina en ladrillo del siglo dieciocho que cobija un San Francisco obra de Diego Márquez. En el interior, destaca la armadura mudejar de la nave central; un gran arco toral apuntado con una enorme y extraña cabeza de hombre bigotudo y, la bóveda de crucería de la capilla mayor redecorada con ricas yeserías manieristas.

El actual retablo mayor, al estilo de la transición rococó-neoclásico, data de 1787 y, fue realizado por el antequerano Antonio Palomo. Entre las esculturas que lo decoran destacamos un Santo Domingo de Guzmán, una magnifica Inmaculada, San Zoilo Mártir, y la Virgen de la Vera-Cruz, Dolorosa de vestir de la escuela granadina realizada en 1677.

En la actualidad el inmueble ha sido adaptado para Biblioteca siendo la mayor de Andalucía con más de 65.000 fondos documentales, fruto del acuerdo entre Unicaja y el consistorio que han unificado en este edificio los fondos de la Biblioteca Antequerana (propiedad de dicha entidad financiera) y de la biblioteca municipal. Su inauguración fue en octubre de 2004.

En el edificio podemos encontrar su claustro, llamado de los Reyes Católicos, y que data de la época gótico-renacentista, el cual está considerado como una joya arquitectónica. Y en el centro se sitúa una fuente barroca del siglo dieciocho restaurada por los talleres del Centro Municipal de Patrimonio Histórico de la localidad.

En las obras realizadas para su adaptación como biblioteca se han aderezado dos galerías superiores de este claustro debido al deterioro que tenían las estructuras, así como se ha recuperado la escalera de acceso a estas galerías en su configuración original.

La entrada al edificio se efectúa por una puerta situada en el lateral del claustro y no por el centro, lo que se conoce como "invariante castizo", un elemento heredado de la tradición arquitectónica musulmana. En el refectorio se ha descubierto la solería original y se ha restaurado el artesonado. También se ha renovado completamente la cubierta así como restaurado la espadaña.

En lo referente a la Biblioteca cabe decir que sus dependencias están equipadas con las nuevas tecnologías informáticas y de multimedia, con puntos de conexión a redes, salas audiovisuales y almacén de soportes ópticos y magnéticos. En la planta baja se sitúan el depósito de libros, la sala infantil y la sala de temas antequeranos y andaluces. En la planta superior se sitúan la sala de publicaciones periódicas y la de consulta y, en un sector más apartado, la sala de internet, la de reuniones y las oficinas.

Esta es la primera biblioteca que se integra en la red pública de lectura lo que significa el poder disponer no sólo de todos los fondos documentales de la biblioteca sino también el poder acceder a todos los fondos de las bibliotecas públicas andaluzas.