El Castillo fue en tiempos del Califato uno de los baluartes del segundo cinturón defensivo de Bobastro, capital del reino de Omar Ben Hafsum. Uno de los usos que le dieron los árabes fue como prisión de cautivos cristianos.

La tradición local habla de un subterráneo que une la iglesia (antigua mezquita) con el castillo.

Durante la revuelta de Omar Ben Hafsún contra los Omeyas cordobeses, la fortaleza de Santi Petri (Hins-Xan-Biter) desempeñó un papel fundamental en la defensa de Bobastro.

La Villa se entregó a los Reyes Católicos en mayo de 1487, quienes nombraron alcaide cristiano al capitán Mosén Pedro Santiesteban. Más tarde, los moriscos de Almogía participaron en la rebelión de 1570. Al ser derrotados, la mayoría de ellos fueron expulsados, quedando despobladas las tierras que fueron repobladas con cristianos viejos procedentes de las poblaciones de Teba y Antequera, en aquel entonces pertenecientes al reino de Sevilla.

El Castillo está muy mal señalizado y no se puede acceder.