Auch wenn die am besten erhaltenden Überreste aus der arabischen Zeit stammen, finden wir in Frigiliana Beweise für die Gegenwart des prähistorischen Menschen aus dem Spätneolithikum (circa dreitausend vor Christus)

Trotzdem gibt es weiterhin zahlreiche Fundstücke, die von den phönizischen und römischen Siedlungen stammen, einer Epoche, aus sich der auch der Name des Dorfes herleitet. Dieser stammte von dem römischen Eigennamen „Frexinius“, an dem man das Suffix „ana“ anhängte, das gemeinsam mit dem Patronymikon Dorf bedeutet. Das Ergebnis war „Frexinius ana“ und die Übersetzung dafür lautet „Landhof von Frexinius“.

Dennoch sind es die Araber, die hier die deutlichsten Spuren hinterlassen haben und das Dorf zwischen dem neunten und zehnten Jahrhundert gründeten. Während dies zu dem Nasridenkönigreich von Granada gehörte, basierte seine Wirtschaft vor allem auf der Produktion von Öl, Rosinen, Feigen und der Seidenraupenzucht.

Nach der Ankunft der katholischen Könige vierzehnhundertfünfundachtzig begann eine repressive Kampagne, um die besiegten Mudejaren in Christen zu konvertieren. Diese nannten sich dann Morisken. Trotzdem wurden sie nicht von den Christen akzeptiert und die ungerechte Behandlung sowie die hohen Steuern, die die Morisken zahlen mussten, führte schließlich fünfzehnhundertachtundsechzig und fünfzehnhundertneunundsechzig  in dem gesamten Königreich von Granada zu einem Aufstand, der mit der Schlacht am „Peñón de Frigiliana“ niedergeschlagen wurde.

Eingeschlossen in „El Fuente“ und angeführt von Hernando el Darro und Martîn Alguacil hielten die Morisken über zwanzig Jahre der Angriffe der kastilischen Truppen stand.

Eine militärische Einheit von über fünftausend Soldaten beendeten den Aufstand und zerstörten die Festung. Es starben über siebentausend Morisken und die, die überlebten wurden 1570 vertrieben.
 

1812 mussten sich die Bewohner von Frigiliana erneut den Franzosen stellen. Nach sechs Monaten gelang es ihnen die Eindringlinge zu vertreiben, mussten sie dafür jedoch einen hohen Preis bezahlen. Ein Gebiet mit dem Namen „La Horca“, dass sich in der Nähe des Dorfes befindet, erinnert an diese Ereignisse. Anfang des siebzehnten Jahrhunderts entwickelte sich Frigiliana politisch, wirtschaftlich und sozial. Die Einwohnerschaft stieg an und aus einhundertsechzig Bewohnern im Jahr sechzehnhundertvierzig wurden dreitausendzweihundert im Jahr achtzehnhundertsiebenundachtzig. Dabei handelt es sich um einen Maximalwert, der bis heute nicht wieder überschritten wurde. Die letzten Jahre des neunzehnten Jahrhunderts sind gekennzeichnet von den „Bandoleros“, dem großen Erdbeben achtzehnhundertvierundachtzig und der Reblausplage.

Frigiliana ist, wahrscheinlich, das Dorf in der Axarquîa, das am besten sein arabisches Erbe erhalten hat. Viele Preise zeugen von dieser Tatsache, wie die Verschönerung der spanischen Dörfer (neunzehnhundertzweiundachtzig) oder der Nationale Preis für andalusische Dörfer (neunzehnhundertachtundachtzig). Spazieren wir durch die Altstadt im Mudêjarstil ist es, als ob wir wieder in diese glanzvolle Zeit zurückversetzt werden. Die Dorfbewohner arbeiten schwer daran, diesen Anblick zu bewahren und ihm den Besuchern bieten zu können. Die Häuser und Straßen sind so erhalten geblieben, wie sie in der Zeit der Morisken waren: schön und weiß. Um diese Vergangenheit besser kennenlernen zu können, hat die Künstlerin Pilar Garcîa Millán zwölf Wandbilder erschaffen, die sich in den Straßen des „Barrio Alto“ befinden.