Eines der ersten Völker, von denen bekannt ist, dass sie sich in diesem Gebiet niederließen, waren die Tartesser im Jahre 1500 vor Christus. Später gaben die Phönizier dem Gebiet den Namen „Escua“, welches in der phönizischen Sprache so etwas wie „Haupt“ bedeutet. Bis heute glaubt man, dass sie es waren, die begannen die Mauer zu errichten, die Archidona vor allen feindlichen Übergriffen schützen sollte. Unter den Römern wurde Archidona zu „Arx Domina“ und die Araber nannten sie schließlich „Medina Arxiduna“, von dem letztlich auch der aktuelle Name der Stadt abstammt.

Genauer gesagt, ist es Archidona, aus der mit der Omeya Dynastie in Andalusien eine der brillantesten und kultiviertesten Epochen spanischer Geschichte entspringt. Ein weiteres wichtiges historisches Ereignis dieser Stadtgemeinde ist die Rebellion der Renegaten und Berbern, besser bekannt als „Rebellion der Mozaraber“, die Ende des 9. und Anfang des 10. Jahrhunderts von dem Renegaten Omar Ben Hafsun angeführt wurde. Aus dieser Epoche stammt dann auch der Verteidigungskomplex, der von einem Hang des Gebirges emporragt.