Das Zentrum befindet sich im Gebäude der heutigen Kapelle „Virgen de Gracia“, innerhalb der Mauer der mittelalterlichen Festung des arabischen Archidona (Arsiduna) auf dem höchsten Punkt des „Cerro de Gracia“ (zu deutsch: Anhöhe der Gnade“).  Genauer gesagt, befindet sich das Zentrum in einem Gebäude, das zwischen 1771 und 1774 von den ansässigen Baumeistern Francisco Berrocal und Francisco de Astorga erbaut wurde. Dieses war zunächst eine Umgestaltung des Innenhofes, der der heutigen Kapelle „Virgen de Gracia“ vorausgeht. Im Innenhof befanden sich an drei Seiten Säulengänge, auf denen sich das Obergeschoss stützte, welches heute in verschiedene Räumlichkeiten aufgeteilt ist. In dieser Etage befinden sich die Räume des Zentrums.

Der thematisch erläuternde Diskurs des Zentrums entfaltet sich dem Besucher dem linearen Weg folgend, dessen Mittelpunkt der Korridor ist, von dem alle Ausstellungsräume abgehen. Man erreicht das Zentrum von dem Innenhof der Kapelle aus. Dort befindet sich eine Eingangstür zur kleinen Vorhalle von der aus eine Treppe und ein Fahrstuhl zum „Sala Mirador“ (zu deutsch: „Aussichtspunkt“) führt, an dem die Ausstellung beginnt. In der Mitte der Etage befindet sich eine weitere Treppe, die zu einem anderem Ausgang (genauer: zum Innenhof der Kapelle) führt.

Was nun die Installation des Museums betrifft, ist ein großer Teil der Ausstellung auf Wandtafeln abgebildet: klare, gut lesbare Texte, die für jeden Besucher verständlich sind und deren Informationsgehalt durch viele Grafiken und Illustrationen unterstützt werden. Die Abbildungen sind in einigen Fällen von großer Wichtigkeit, während sie in anderen nur die Aussagen der Texte unterstützen sollen.