El nombre se deriva del término árabe Al-farnat que significa "molino de harina". No obstante los primeros asentamientos datan de la Prehistoria, como queda patente en los restos de los arroyos Palancar y Morales.

La primera referencia escrita que existe de Los Alfarnates (Alfarnate y Alfarnatejo) data del siglo décimo, cuando se le menciona como "alquería de fuerte producción de harina": de ahí su nombre. Sin embargo, la consolidación del núcleo como "puebla" tiene lugar tras el paso de las tropas cristianas, allá por 1487, procediéndose a la repoblación de estas tierras por los colonos venidos de otros puntos de la región entre 1489 y 1490. Y hasta el siglo dieciocho, ambas villas viven históricamente ligadas, momento en que se desligan en dos municipios.

Alfarnateños y alfarnatejos comparten una misma y singular leyenda, de la que provienen sus respectivos motes: "palancos y tejones". El origen de la misma hay que situarla en el antiguo camino de caballería que enlazaba ambas poblaciones, en el cual había una gran piedra que se interpretaba con que era el límite entre ambas poblaciones. Cuentan que una gran tormenta la hizo rodar y fue a colocarse en medio del camino, impidiendo su uso. Para reabrirlo acordaron que los de Alfarnate llevaran palos para hacer "palanca" y los de Alfarnatejo palas y picos para socavar la tierra (de ahí lo de "tejones") para que ésta rodara por sus propios medios. Finalmente venció la propuesta de Alfarnatejo y la piedra rodó hasta el cauce del río donde actualmente, dicen, permanece.

A finales del siglo diecinueve se produce el fenómeno del bandolerismo en Andalucía, que en Alfarnate incidirá de forma especial al encontrarse junto al Puerto de los Alazores, paso natural y camino real de Málaga a Granada.

La economía del pueblo se basa exclusivamente en el sector agropecuario, con lago de regadío por los arroyos y río que lo atraviesa. Se cultivan olivares y algo de almendros, el trigo y los garbanzos (éstos de calidad y fama indiscutibles, ya eran citados por Cervantes).