Alberga una buena representación de cerámicas y otros objetos pertenecientes a lo que pudo ser la Medina Istibūna, destruida por Enrique IV en 1460 ante la imposibilidad de su repoblación.

Alberga evidencias de la multiculturalidad de la costa, fruto del contacto entre fenicios y comunidades locales, como contenedores de aspecto piriforme de los siglos VIII a.C. procedentes de arroyo Vaquero, ánforas de los siglos VII y VI a.C. del yacimiento del Torreón, en la desembocadura del río Guadalmansa, así como otros materiales procedentes de los diversos "oppida" púnicos de Estepona.

Los restos más antiguos expuestos se remontan al Paleolítico, y consisten en una serie de útiles tallados en piedra. También podemos contemplar testimonios del Neolítico y la edades del Cobre y el Bronce, como cerámicas, útiles de piedra tallada y hachas de piedra pulida, etc.

Destacan, entre los materiales de época fenicia, los procedentes del yacimiento denominado "El Torreón", donde se asentaron los fenicios. En las excavaciones realizadas se han descubierto, restos de diversas viviendas, almacenes, ánforas, platos, diversas cerámicas, monedas, joyas y, sobre todo, una terracota del dios fenicio Bes.

Tiene una buena colección de terra sigillata procedente de barcos que se hundieron frente a la costa de Estepona cuando, después de llevar un cargamento de aceite a Roma, traían a su regreso lotes de cerámica de mesa fabricada en los alfares de La Graufesenque (Milau, Francia).