Die Tatsachen, dass sich Yunquera an einem der zwei einzigen Wegen, über die man die östlichen Berge der Serranîa de Ronda überqueren kann, befindet und es auf ihrem Gebiet die größten Wasservorkommen des Gebirges gibt, erklären die frühen Besiedlungen durch den Menschen. Beweise hierfür finden wir auf der prähistorischen Fundstätte in der Nahe des „Valle de Jorox“ im angrenzenden Gemeindebezirk von Alozaina.

In jedem Fall stammen die ersten Nachweise über Veränderungen, die der Mensch in dieser Gegend vollzogen hat, aus der Römerzeit. In dieser Zeit entstanden um die Quellen herum Werkstätten und Landhäuser. Die Römer nannten dieses Gebiet „Juncaria“, was so viel wie Stausee oder Binsenweide bedeutet.

Später zogen die Araber größeren Nutzen aus dem Gebiet, in dem sie Bewässerungsanlagen einführten. Diese landwirtschaftliche Tradition hat sich bis heute erhalten und ist aufgrund des Bodens der Täler des Flusses Grande und dem reichhaltigen Fluss Jorox möglich geblieben. Die landwirtschaftliche Aktivität erstreckt sich bis zu den Hügeln und der wellenförmigen Hochebene. Hier werden vor allem Oliven angebaut. In der Mitte der Hochebene befindet sich die Gemeinde.

Wie schon vorher erwähnt, gab es den Stadtkern schon zur Römerzeit und auch später gab es hier eine arabische Siedlung. Von den wenigen Überresten, die hier gefunden wurden, sei auf die „Eremita Mora“ aus der Zeit der Araber hinzuweisen, die sich etwa 500 Meter oberhalb des Dorfes befindet. Zu jener Zeit war diese Kapelle mit der Festung, die sich auf dem höchsten Punkt von Yunquera befand, durch einen Tunnel verbunden. Die Festung besaß zwei Etagen und wurde im 19. Jahrhundert restauriert. Es scheint, als ob auch diese von den Arabern errichtet wurde und das während des Unabhängigkeitskrieges ein Wachtturm hinzugefügt wurde. Dieser ist von zylindrischer Form, wird von Zinnen vollendet, besteht aus rotem Ziegelstein und wurde auf einem Hügel errichtet, der von Olivenbäumen umgeben ist.