Am 19. August 1487 wurde Málaga von den katholischen Königen erobert und ein Jahr später wurde das Rathaus, dass sich im Postigo de los Abades in einer alten Moschee befand, eingeweiht. Von diesem Moment an ist die Geschichte des Archivs eng mit dem des Gemeinderats verbunden. Dies ist auch der Grund dafür, dass sich das Archiv seit dem 19. Januar 1989 im selben Gebäude befindet. Das Archiv blieb im Postigo de los Abades bis 1528 dieses alte und marode Gebäude versteigert wurde, um mit den Einnahmen den Bau eines neuen Objektes auf dem heutigen Plaza de la Constitución zu finanzieren.

1849 zog das Archiv nach San Telmo um und 1854 kehrte es zurück in das Casa Capitular (Kapitelhaus), um 1855 im Kloster von San Augustîn beherbergt zu werden und 1859 wieder ins Kapitelhaus zurückzukehren. 1860 wurden die Kapitelhäuser abgerissen und das Archiv bezog seinen Sitz in der Calle San Augustîn Nr. 11. Nachdem das Bistum zwischen 1864 und 1868 die ausschließliche Nutzung des Klosters zurückverlangt hatte, befand sich das Archiv in der Calle Cister. Mit der Revolution von 1868 (auch „La Gloriosa“ genannt), gelangt das Kloster zurück in die Hände der Gemeinde und das Archiv bezog erneut deren Räume. Ein Jahr später wurde das Kloster an die Kirche zurückgegeben, das Archiv jedoch blieb in den Räumlichkeiten bis 1919. Zu diesem Zeitpunkt wurde das heutige Rathaus eingeweiht und das Archiv dorthin verlegt. 1925 kaufte der Gemeinderat das Gebäude an der Principal, um darin das Justizgebäude unterzubringen. Bis in die fünfziger Jahre blieben die Gerichtssäle hier. 1964 beherbergte das Gebäude die Fakultät für Wirtschaftswissenschaften und 1968 begannen die Arbeiten, um das Gebäude zum Sitz des Archivs zu machen. Am 19. Februar 1989 wurde es schließlich eingeweiht.